Langage « R » pour la Bio-Informatique

OBJECTIFS :

• Acquérir les compétences nécessaires à l’utilisation du logiciel R
• Connaître les principales analyses statistiques et les utiliser sous R
• Savoir réaliser des graphiques sous R
• Connaitre les bibliothèques R utiles en Bio-informatique

PROGRAMME DE FORMATION :

Démarrer avec R et les données des patients en oncologie

• Utilisation basique de R :
  ➢ variables, opérations, conditions, boucles, fonctions, vectorisation
  ➢ Fonctions pratiques intégrées
• Exploration des données, statistiques de base et visualisation avec R
• Applications simples avec CCLE, DepMap, TCGA data

Analyse des données multi-omiques et cliniques avec R

(Utilisation de bases de données open-source: CCLE, Depmap, TCGA, …)

• Initiation au processus de Machine Learning avec R: nettoyage des données, ingénierie des fonctionnalités, création de modèles.
• Applications :
  ➢ Analyses non supervisées (e.g. differential expression, PCA,
  Clustering)
  ➢ Identification des gènes co-exprimés
  ➢ Analyse prédictive multivariée pour la détection de la sensibilité des patients et l’analyse de la survie à partir de données omiques prétraitées (e.g genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics, metagenomics) et des informations cliniques
• Choisir des visualisations pertinentes pour chaque application

Créer une application Shiny pour une visualisation interactive

• Organisation du code
• Intégrer le code et lancer une webapp Shiny
• Rendre l’application Shiny interactive
  Application sur des cas d’usage précédents utilisant des données DepMap, TCGA,
  CCLE

INFORMATIONS COMPLÉMENTAIRES :

PUBLIC VISÉ

• Personnels scientifiques et techniques souhaitant maîtriser R

PRÉ-REQUIS

• Connaissances de base en statistiques et mathématiques
• Connaissances de base en programmation

RESSOURCES

• Supports pédagogiques
• 30% de théorie
• 70% de pratique

MODALITÉS D’ACCÈS

• Présentiel
• A distance
• Interentreprises
• Intra-entreprise

MÉTHODES PÉDAGOGIQUES

• Apport magistral et interactivité
• Travaux pratiques

ÉVALUATION

• Exercices pratiques
• Mise en situation