Bio Informatique

DURÉE:
3 jours
ID:
RBIO
PRIX
2 100.00 HT

Catégories

BIO-INFORMATIQUE

Langage « R » pour la Bio-Informatique


OBJECTIFS :

  • Acquérir les compétences nécessaires à l’utilisation du logiciel R
  • Connaître les principales analyses statistiques et les utiliser sous R
  • Savoir réaliser des graphiques sous R
  • Connaitre les bibliothèques R utiles en Bio-informatique

PROGRAMME DE FORMATION :

Démarrer avec R et les données des patients en oncologie

  • Utilisation basique de R :
    ➢ variables, opérations, conditions, boucles, fonctions, vectorisation
    ➢ Fonctions pratiques intégrées
  • Exploration des données, statistiques de base et visualisation avec R
  • Applications simples avec CCLE, DepMap, TCGA data

Analyse des données multi-omiques et cliniques avec R

(Utilisation de bases de données open-source: CCLE, Depmap, TCGA, …)

  • Initiation au processus de Machine Learning avec R: nettoyage des données, ingénierie des fonctionnalités, création de modèles.
  • Applications :
    ➢ Analyses non supervisées (e.g. differential expression, PCA,
    Clustering)
    ➢ Identification des gènes co-exprimés
    ➢ Analyse prédictive multivariée pour la détection de la sensibilité des patients et l’analyse de la survie à partir de données omiques prétraitées (e.g genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics, metagenomics) et des informations cliniques
  • Choisir des visualisations pertinentes pour chaque application

Créer une application Shiny pour une visualisation interactive

  • Organisation du code
  • Intégrer le code et lancer une webapp Shiny
  • Rendre l’application Shiny interactive
    Application sur des cas d’usage précédents utilisant des données DepMap, TCGA,
    CCLE

INFORMATIONS COMPLÉMENTAIRES :

PUBLIC VISÉ

  • Personnels scientifiques et techniques souhaitant maîtriser R

PRÉ-REQUIS

  • Connaissances de base en statistiques et mathématiques
  • Connaissances de base en programmation

RESSOURCES

  • Supports pédagogiques
  • 30% de théorie
  • 70% de pratique

MODALITÉS D’ACCÈS

  • Présentiel
  • A distance
  • Interentreprises
  • Intra-entreprise

MÉTHODES PÉDAGOGIQUES

  • Apport magistral et interactivité
  • Travaux pratiques

ÉVALUATION

  • Exercices pratiques
  • Mise en situation